ΑΠΕΛΕΥΘεΡΩΣΗ
Στον Β' Βαλκανικό Πόλεμο του 1913 ο Ελληνικός στρατός απελευθέρωσε την πόλη μετά από την τριήμερη, πολύνεκρη Μάχη του Κιλκίς-Λαχανά (19-21 Ιουνίου). Αν και υπήρξαν σοβαρές απώλειες, περισσότερα από 5.000 θύματα η Ελληνική πλευρά και 7.000 η Βουλγαρική, η Ελληνική νίκη ήταν ένα αποφασιστικό βήμα για την τελική έκβαση του πολέμου. Το Κιλκίς καταστράφηκε σχεδόν ολοκληρωτικά κατά τη μάχη. Πριν τη μάχη, όσοι από τους κατοίκους του ήταν Βούλγαροι, 7.000 συνολικά, εγκατέλειψαν την πόλη μετά από προτροπή του Βούλγαρου επισκόπου και κατέφυγαν στη Βουλγαρία, όπου εγκαταστάθηκαν στο μεγαλύτερο μέρος τους στη Σόφια. Το 1915 οι Κιλκισιώτες, στους οποίους είχαν προστεθεί πρόσφυγες από το Ακαλάν (σήμερα Μπελοπόλιανε) της Ανατολικής Ρωμυλίας, Στρωμνιτσιώτες και Βιζυηνοί, επιτέθηκαν στο ναό του Αγίου Γεωργίου, ώστε να τον καταλάβουν, καθώς τον κατείχαν ακόμα Ουνίτες. Τότε, αποκαλύφθηκαν και οι παλαιότερες Ελληνικές γραφές στις αγιογραφίες, αφού ξύστηκαν οι νεώτερες κυριλλικές.Η πόλη επεκτάθηκε εγγύτερα στη σιδηροδρομική γραμμή της Θεσσαλονίκης ώστε να μπορέσει να δεχτεί και τους Έλληνες πρόσφυγες από τη Βουλγαρία, την Π.Γ.Δ.Μ. και τη Μικρά Ασία. Οι πρόσφυγες που ήρθαν πρώτοι, μετά την απελευθέρωση του 1913, ήταν από την Π.Γ.Δ.Μ. (Περιοχές Στρώμνιτσας, Τίκφες και Γευγελής), και η πόλη μετονομάστηκε σε "Νέα Στρώμνιτσα" ή "Νέα Τιβεριούπολη"[εκκρεμεί παραπομπή] το 1913.
Η σημασία της Μάχης του Κιλκίς-Λαχανά μπορεί να εκτιμηθεί από το γεγονός ότι το Πολεμικό Ναυτικό ονόμασε ένα θωρηκτό με το όνομα της πόλης: το θωρηκτό Κιλκίς –πρώην USS Mississippi– που βυθίστηκε από Γερμανικό βομβαρδιστικό Στούκα στις 23 Απριλίου του 1941, μαζί με το αδελφό πλοίο του θωρηκτό Λήμνος, κατά την τρίτη εβδομάδα της εισβολής της Ναζιστικής Γερμανίας στην Ελλάδα. Η πόλη του Κιλκίς περιήλθε υπό Βουλγαρική κατοχή το 1943, όταν η Βουλγαρική ζώνη κατοχής επεκτάθηκε, ώστε να συμπεριλάβει τις περιφέρειες του Κιλκίς και της Χαλκιδικής. Οι Βούλγαροι ακολούθησαν πολιτική βίαιου εκβουλγαρισμού με απώτερο σκοπό την προσάρτηση της περιοχής στη Βουλγαρία, αλλά εμποδίστηκαν σ’ αυτό από τους Γερμανούς συμμάχους τους, που φοβήθηκαν μια αποσταθεροποίηση της Ελλάδας, αν οι Βούλγαροι συνέχιζαν την πολιτική τους. Η περιοχή έγινε μείζον κέντρο αντάρτικης αντιστασιακής δράσης πριν απελευθερωθεί, το 1944.